감사 보고서 재정지출 효율화 및 주요 재정사업 추진실태

민간투자사업은 민간이 자금을 투자하여 사회기반시설을 건설한 후 주무관청에 해당 시설을 기부채납하고 일정기간의 관리운영권을 부여받는 것은 동일하나, 민간이 투자비를 회수하는 방식에 따라 BTO(Build-Transfer-Operate)와 BTL(Build-Transfer-Lease)로 구분되며, BTO사업은 원칙적으로 사업시행자가 사회기반시설 이용자로부터 사용료를 징수하여 투자비를 회수하는 방식이나, 실시협약상 사업시행자의 최소운영수입을 보장하기로 약정된 경우에는 실제 운영수입이 최소운영수입 보장액(MRG86) )에 미달되면 차액을 정부에서 보전해 주고 있다. 한편, BTL사업은 사업시행자가 주무관청으로부터 지급받는 임대료와 운영비를 통해 투자비를 회수하는 방식인데, 임대료는 사업시행자가 투입한 총민간 투자비에 건설기간 동안의 이자(건설이자)와 물가변동비, 수익 등을 더한 투자원리금을 임대기간 동안 분할하여 지급하는 원리금 균등분할 상환방식으로 산정되고, 운영비는 운영기간 동안 사업시행자가 투입한 시설 유지․보수 비용 등에 물가변동분을 더한 금액을 지급하고 있다. 기획재정부는 2017. 5. 17. 김천시로부터 “민간투자법 제4조 제2호의 사업 방법(BTL)으로 건설한 사회기반시설(과학관)에 대하여 부여한 관리운영권이 ｢부가가치세법｣상 ‘부동산임대용역’의 공급에 해당되는지”에 대한 해석요청을 받고, 같은 해 9. 28. 국세예규심사위원회에 회부하여 검토한 결과, “관리운영권 부여는 부가가치세가 과세되는 부동산임대업에 해당하지 아니하는 것”이라고 회신(2017. 10. 12.기획재정부 부가가치세제과-501)함으로써 기존 유권해석을 변경하였다. 또한 기획재정부는 위 유권해석 이후부터 BTL사업으로 건설한 사회기반시설을 기부채납받은 후 사업시행자에게 관리운영권을 부여하는 거래행위에 대하여 부가가치세를 신고･납부할 필요가 없을 뿐만 아니라, 기존 유권해석에 따라 신고･납부한 부가가치세도 경정청구(부과제척기간 이내)하는 경우 환급하겠다고 회신하였다. 그런데 ｢부가가치세법｣ 제26조 제1항 제19호(2013. 7. 1. 법률 제11873호로 개정되기 이전에는 제12조 제1항 제17호)의 규정에 따르면 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 모든 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제하도록 되어 있었으나, 2006. 2. 9. ｢부가가치세법 시행령｣(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 제38조 제3호를 신설하여 “부동산 임대업, 도･소매업 등은 부가가치세 면제 대상에서 제외”함으로써 2007. 1. 1.부터 국가, 지방자치단체 등이 공급하는 부동산 임대용역은 부가가치세 과세 대상이 되었다. 그리고 기획재정부는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제38조 제3호의 개정･시행 이후인 2007. 3. 22. 유권해석(재정경제부 부가가치세제과-186)을 통해 “국가, 지방자치단체가 민간투자법에 따라 사업시행자에게 부여한 관리운영권은 부가가치세 과세 대상”이라고 유권해석하였다. 한편 해양수산부는 사업시행자와 “울산신항개발(1-1단계)” 등 14개 BTO사업에 대한 실시협약을 체결하면서 사업시행자가 해당 사회기반시설을 운영개시일로부터 17년에서 50년의 기간 동안 무상사용ㆍ수익할 수 있도록 약정하였다. 이에 따라 이번 감사기간 중 위 14개 BTO사업을 대상으로 법인세 비용 감소분에 대한 무상사용기간 단축효과 분석과 함께 위 사업 중 해양수산부가 비용보전방식으로 재구조화를 추진하고 있는 “포항영일만 신항개발(1-1단계)”과 “인천북항 일반부두(3선석)” 2개 민간투자사업을 대상으로 무상사용기간 단축에 따른 비용보전대상금 조정효과에 대한 분석을 공공투자관리센터(PIMAC)에 의뢰하였다. 그 결과 해양수산부가 법인세율 인하에 따른 법인세 비용 감소분을 사업시행자와 협의하여 무상사용기간을 조정하는데 반영한다면 각 BTO사업의 무상사용기간이 최소 1년에서 최장 22년까지 단축될 수 있는 것으로 나타났다. 그 결과 BTO사업의 사업시행자가 ｢부가가치세법｣상 ‘과세사업자’인 경우에는 주무관청이 관리운영권 부여시 부가가치세를 거래징수한 후 최대 6개월이 지나서야 국세청으로부터 부가가치세를 환급받게 되어, 사업시행자의 일시적 자금 부담이 발생하게 될 우려가 있을 뿐만 아니라 불필요한 행정력의 낭비만 초래된다. 또한 사업시행자가 생활폐기물 처리 용역 등 관련 ‘면세사업자’의 경우에는 거래징수된 관리운영권 관련 부가가치세를 공제받거나 환급받을 수 없으나 실시협약에 관리운영권 부여에 대한 부가가치세 부담주체를 명확하게 정하지 않고 있어(표준협약서에도 언급이 없음), 아래 “면세사업 관련 관리운영권에 대한 부가세 자체 부담 사례”와 같이 주무관청이 관리운영권 부여에 대한 부가가치세를 사업시행자로부터 거래징수하지 못한 채 자체 예산으로 부담하는 사례도 있는 실정이다. 기획재정부는 매년 민간투자법 제7조 및 제8조에 따라 사회기반시설의 민간 투자 정책방향과 기본계획을 마련하고 있으며 BTL사업의 임대료 산정 기준이 되는 총민간투자비, 물가정산분, 건설이자 등의 산정방법 등을 ｢민간투자사업 기본계획｣에 규정하여 운용하고 있다. 민간투자법 제3조의2, 제21조 제13항 및 같은 법 시행령 제2조의2의 규정에 따르면 민간투자사업의 ‘총사업비’는 사회기반시설사업의 수행에 소요되는 경비로서 조사비･설계비･공사비･보상비･부대비･운영설비비･각종 세금과 공과금 및 영업준비금을 의미한다고 되어 있고, 총민간사업비는 총사업비에서 국가 또는 지방자치단체가 사업시행자에게 지급하는 보조금을 제외한 금액을 의미한다고 되어 있다. 그리고 ｢민간투자사업 기본계획｣ 제15조 및 제16조의 규정에 따르면 BTL사업의 사업시행자가 투입한 총민간투자비에 수익률이 반영된 투자 원리금을 기준으로 임대기간(관리운영기간) 동안 원리금 균등상환 방식에 따라 임대료를 산정･지급하도록 되어 있고, 총민간투자비는 불변가로 협약한 총민간 사업비에 건설기간 동안의 물가변동분과 건설이자를 가산하여 산정하도록 되어 있다. 건설이자는 사업시행자에게 건설기간 동안 타인자본 조달･투입에 따라 발생할 것으로 예상되는 이자상당액을 주무관청이 총민간투자비로 인정해 준 것으로 관리운영기간 동안 임대료에 포함되어 분할 지급된다. 그리고 민간투자법 제24조의 규정에 따르면 민간투자로 설치된 사회기반시설은 실시협약에서 정하는 바에 따라 관리･운영되어야 하고, ｢임대형 민자사업(BTL) 표준 실시협약(안)｣ 제16조 제3항에 따르면 사업시행자는 채권금융기관 등으로부터 주무관청이 승인한 실시계획에 따라 타인자본을 조달하여 약정된 투입일정에 따라 투입하여야 한다고 되어 있다. 그런데 ‘건설이자’와 관련하여 BTL사업의 사업시행자가 실시협약상 정해진 타인자본 조달･투입일정을 변경하더라도 현재는 이를 정산하거나 주무관청이 관리･감독할 수 있는 근거규정이 없다.