공익법인 세무안내

세법에서는 사회일반의 이익을 목적으로 하는 공익사업을 최대한 지원하고자 공익법인에 대해 각종 혜택을 부여하고 있는 반면, 이러한 조세지원 제도를 탈세나 부의 편법 상속 등으로 악용하는 행위를 규제하기 위하여 공익법인이 지켜야 할 의무를 구체적으로 규정하고 있습니다. 즉, 세법상 의무를 정하고 이를 위반하는 공익법인에 대하여는 증여세나 가산세 등을 부과함으로써 공익법인이 본래의 공익목적사업에 전념하도록 유도하고 있습니다. 이는 세법 외에 ｢공익법인의 설립 운영에 관한 법률｣ 등 각 특별법에서 공익법인의 정관이나 임원의 임면, 이사회 운영, 주무관청의 감독 등에 관한 특별규정을 둠으로써 공익법인으로 하여금 공익목적사업을 건전하게 운영하여 사회일반의 이익에 이바지하도록 한 것과 같은 취지입니다. ｢민법｣상 ‘출연’이라 함은 본인의 의사에 따라 자기의 재산을 감소시키고 타인의 재산을 증가시키는 효과를 가져 오는 행위를 말합니다. ｢상속세 및 증여세법｣ 상 ‘출연’이라 함은 기부 또는 증여 등의 명칭에 불구하고 공익사업에 사용하도록 무상으로 재산을 제공하는 행위를 말하며, 그 출연행위에 따라 제공된 재산을 ‘출연재산’이라고 합니다. 즉, 공익법인이 무상으로 얻은 재산이 출연재산이 되는 것이며, 대가를 수반하여 제공받은 재산은 출연재산으로 볼 수 없습니다. 이 경우 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산(종교사업에 출연하는 헌금을 말하되, 부동산 및 주식 등으로 출연하는 경우는 제외)은 상증법상 출연재산에 해당하지 아니합니다. 「법인세법」제1조 제2호의 비영리법인이라 함은 ｢민법｣ 제32조에 따라 설립된 법인, ｢사립학교법｣이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 ｢민법｣ 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인, 법인격 없는 사단 재단, 기타단체로서「국세기본법」제13조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체를 말합니다. ｢민법｣ 또는 ｢공익법인의 설립 운영에 관한 법률｣, ｢사립학교법｣ 등은 비영리법인 또는 공익법인의 설립과 운영에 관한 사항을 규정하고 있는데 반하여「법인세법」은 법인의 납세의무를 규정하고 있으므로 그 규정의 목적과 적용방법이 다릅니다. 「상속세 및 증여세법」상 공익법인도「법인세법」상 비영리법인에 해당되므로 법인세법에서 규정하는 수익사업에 대한 법인세와 토지 등 양도소득에 대한 법인세의 납세의무가 있습니다. 공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 출연받거나 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우 출연받거나 취득한 주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분 제외)의 상증법 §16 ② 2호(5%, 10%, 20%)에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액은 증여세 과세가액에 산입합니다. [상증법 §48 ①, ② 2호] 공익법인 등이 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인등과 성실공익법인 등은 제외)로서 그 내국법인의 주식 등의 가액이 해당 공익법인의 총 재산가액의 100분의 30 (외부회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등은 100분의 50)을 초과하는 경우에는 가산세를 부과합니다. 출연받은 재산을 매각한 경우에는 같은 법 제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의 2 및 같은 법 시행령 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30％, 2년 이내에 60％에 미달하는 때에는 같은 법 제78조 제9항의 규정에 의하여 그 미달사용한 금액의 10％에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90％에 미달하게 사용한 때에는 그 미달사용한 금액에 대하여 증여세가 부과되는 것입니다. 이 경우 공익법인 등이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 재산을 취득하거나 운용기간 6월 이상인 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다. 국세청장은 공익법인이 결산서류 등을 공시하지 아니하거나 그 공시 내용에 오류가 있는 경우에는 해당 공익법인 등에게 1개월 이내의 기간을 정하여 공시하도록 하거나 오류를 시정하도록 요구할 수 있습니다. 국세청장은 공시요구를 하거나 오류시정을 요구할 때에는 문서로 하여야 하며, 요구를 이행하지 아니하는 공익법인에 대해서는 가산세를 부과하고 해당 공익법인의 주무부장관에게 관련 사실을 통보하여야 합니다. 국세청장의 공시요구 또는 시정요구를 지정된 기한 이내에 이행하지 아니 하는 경우 공시하여야 할 과세기간 또는 사업연도의 종료일 현재 해당 공익법인의 대차대조표상 자산총액(부동산인 경우 법 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가액이 대차대조표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 1천분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과합니다.