문맥 (context)
식도는 인두와 위 사이를 연결하는 관강상의 장기이고, 대부분은 흉강, 일부는 경부와 복강에 존재한다. 흉강의 상부에서는 기관과 척추 사이에 있고, 하부에서는 심장, 대동맥과 폐에 둘러싸여 있다. 식도는 입에서 먹은 음식물을 위에 보내는 기능을 한다.
일본인의 2001년 암에 의한 사망률은 10만인 중 238.8명이다. 사망 원인 중에서 식도암이 차지하는 비율은 해마다 증가하고 있고, 2001년도에는 남성에서는 전체 암 사망예의 5.0 %, 여성에서는 1.4 %가 식도암이었다. 식도암의 발증 연령의 피크는 60 내지 70세 대에 있고, 남성에게 발증이 많다. 또한 흡연, 음주, 뜨거운 기호물 등의 환경 요인이 발생에 밀접히 관련된다. 또한 식도벽 내부나 주변은 혈관이나 림프관이 풍부하기 때문에, 발생한 암의 전이가 많은 것이 알려져 있다.
식도암의 치료는 진행도(일본 식도질환 연구회편 임상·병리 식도암 취급 규약 1999년)나 전이, 전신 상태를 고려하여 결정한다. 식도암의 표준 치료법은 일본 식도질환 연구회편 "식도암 치료 가이드 라인"(2002년)에 나타나 있다. 현재 가장 일반적인 요법은 수술 요법이고, 암을 포함한 식도와 림프절을 포함하는 주위의 조직을 절제(림프절곽청)한 후에, 위 등 다른 장기를 이용하여 식도를 재건한다. 단, 수술요법, 특히 광범위한 림프절곽청은 환자에게 큰 부담을 주고, 수술 후의 QOL 저하에의 배려도 필요하다. 점막 내에 머무는 조기 암의 경우에는 내시경적 점막절제술이 가능한 경우가 있다. 또한, 근치요법, 대증요법의 양면으로부터 방사선 조사가 행해지는 경우가 있다. 또한, 수술요법이나 방사선요법과 조합하여 화학 요법이 행해진다. 화학 요법으로는 현재 5-플루오로우라실과 시스플라틴의 병용 요법이 가장 유효하다고 생각되고 있다.
식도암은 연하시의 위화감, 연하곤란, 흉골후부통이나 흉부위화감이라는 자각 증상을 기억한 환자의 수진(受診)에 의해서 발견되는 경우가 많다. 그러나 이들 증상이 발현하는 것은 식도 내에서 암이 성장한 결과로, 자기 소견에 의한 수진시에 발견되는 암은 이미 식도벽외 진전이나 전이가 발생하고 있어 예후 불량인 경우가 많다. 따라서 수술시에는 식도 주변의 림프절확청을 행하는 경우가 많지만, 이 때 전이의 유무를 예견할 수 있으면, 확청의 범위를 수술 전에 정확하게 결정하는 것이나, 확청의 범위를 한정하여 수술 후 환자의 QOL에 기여하는 것이 가능하다.
식도암은 식도 조영 검사 및 내시경 검사와 생검 조직 검사로 진단이 확정된다. 생검 표본은 내시경 검사시나 수술시에 채취되고, 병리표본을 제조한 후에 병리조직학적 분류에 의해서 진단된다. 이 때, 내시경 검사에서 얻어진 세포의 성질로부터 식도밖에의 전이의 유무를 예측할 수 있는, 신속하고 간편한 진단법의 개발이 요구되고 있다.
현재까지 식도암 조직에 특이적으로 포함되는 마커를 이용한 분자생물학적 진단 방법이 제안되어 있다. 이 방법은 신속하고 객관적인 결과를 가져와 신속한 진단을 돕는다.
지금까지 식도암의 임상 검사용 마커로서 혈청 중 단백질 마커인 SCC, CYFRA21-1, CEA 등이 활용되고 있는 것 이외에, 특허 문헌 1, 2에 기재된 단백질 등이 보고되어 있다. 그러나 이들 마커는 감도, 특이도가 부족하고, 가장 감도가 높다고 되어 있는 CYFRA21-1에 대해서도, 그 감도는 33.9 %(비특허 문헌 1)로부터 43.9 %(비특허 문헌 2) 정도이다. 따라서 이들 혈청 중 마커 및 그 조합의 검출에 의해서 식도암 세포의 존재의 유무가 확정된다는 단계에는 이르지 않고, 이들을 이용하여 식도암의 전이를 진단하는 것에도 이르지 않았다.
한편, 피험자로부터 채취된 생검 시료에 식도암 세포가 포함되어 있는지의 여부를 특이적으로 판단하기 위한 유전자를 이용한 마커로는, 염색체 이상(예를 들면 특허 문헌 3, 4 참조)이나 유전자의 후성적 서열(예를 들면 특허 문헌 5)이 개시되어 있는 것 이외에, DNA 칩에 의한 망라적 유전자 발현 해석의 결과가 복수개 보고되어 있다(예를 들면 비특허 문헌 3 내지 8 참조). 또한 단독의 유전자 발현을 지표로 한 마커로는, 특허 문헌 6, 비특허 문헌 9, 10에 개시되어 있는 SPRR3 유전자(작은 프롤린-농후 단백질 3), 비특허 문헌 11에 개시되어 있는 fgf3 유전자, 특허 문헌 6, 비특허 문헌 12에 개시되어 있는 CSTB 유전자(cystatin B, liver thiol proteinase inhibitor), 특허 문헌 7에 개시되어 있는 UCP2 유전자(mitochondrial uncoupling protein 2), 특허 문헌 6에 개시되어 있는 UPK1A 유전자(uroplakin 1A), 비특허 문헌 13에 개시되어 있는 HSPA1B 유전자(Heat Shock 70kDa Protein 1) 등이 보고되어 있다.
특허 문헌 1: 일본 특허 공개 제2003-259872호 공보
특허 문헌 2: 일본 특허 공표 2000-511536호 공보
특허 문헌 3: 일본 특허 공개 제2001-17200호 공보
특허 문헌 4: 일본 특허 공개 제2002-272497호 공보
특허 문헌 5: 일본 특허 공표 2004-505612호 공보
특허 문헌 6: 국제 공개 제2003/042661호 공보
특허 문헌 7: 국제 공개 제2003/076594호 공보
비특허 문헌 1: Nakamura, T. 등, 1998, Diseases of the Esophagus, 제11권, p.35-39
비특허 문헌 2: Kawaguchi, H. 등, 2000, Cancer, 제89권, p.1413-1417
비특허 문헌 3: Luo, A. 등, 2004년, Oncogene, 제23권, p.1291-1299
비특허 문헌 4: Zhi, H. 등, 2003년, International Journal of Cancer, 제106권, p.327-333
비특허 문헌 5: Lu, J. 등, 2001년, International Journal of Cancer, 제91권, p.288-294
비특허 문헌 6: Kazemi-Noureini, S. 등, 2004년, World Journal of Gastroenterology, 제10권, p.1716-1721
비특허 문헌 7: Xu, S. H. 등, 2003년, World Journal of Gastroenterology, 제9권, p.417-422
비특허 문헌 8: Su, H. 등, 2003년, Cancer Research, 제63권, p.3872-3876
비특허 문헌 9: Chen, B. S. 등, 2000년, Carcinogenesis, 제21권, p.2147-2150
비특허 문헌 10: Abraham, J. M. 등, 1996년, Cell Growth & Differentiation, 제7권, p.855-860.
비특허 문헌 11: Kitagawa, Y. 등, 1991년, Cancer Research, 제51권, p.1504-1508
비특허 문헌 12: Shiraishi, T. 등, 1998년, International Journal of Cancer, 제79권, p.175-178
비특허 문헌 13: Kawanishi, K. 등, 1999년, Cancer, 제85권, p.1649-1657
003c#발명의 개시003e#
003c#발명이 해결하고자 하는 과제003e#
그러나 상기한 기존의 지표는 특이성 및/또는 감수성이 부족한 것이고, 생체 시료로부터의 그 효율적인 검출 방법이 확립되지 않았기 때문에 일반적으로 임상 상의 이용은 행하지 않았고, 또한 환자의 예후를 결정하는 큰 요인인 식도암 전이의 유무를 진단 마커를 이용하여 검출하는 것은 현재 불가능이라고 생각된다. 그래서 특이성 및 감수성이 높은 식도암 전이의 마커가 갈망되고 있다.
본 발명은 식도암의 진단, 식도암 전이의 진단, 및 식도암의 치료에 유용한 질환 판정용 조성물, 키트 또는 DNA 칩을 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명은 또한, 상기 조성물, 키트 또는 DNA 칩을 이용하여 식도암의 존재 또는 전이를 검출, 판정 또한 예측하기 위한 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
003c#발명의 구성 및 작용003e#
마커 탐색의 방법으로는, 식도암 세포와 비암세포에서의 유전자 발현이나 단백질 발현, 또는 세포의 대사산물 등의 양을 어떠한 수단에 의해서 비교하는 방법이나, 식도암 환자와 비암환자의 체액 중에 포함되는 유전자, 단백질, 대사산물 등의 양을 측정하는 방법, 식도암 세포 중, 수술시에 림프절 전이가 있었던 환자 유래의 식도암 세포와 수술시에 림프절 전이가 없던 환자 유래의 식도암 세포에서의 유전자 발현이나 단백질 발현, 또는 세포의 대사산물 등의 양을 어떠한 수단에 의해서 비교하는 방법이나 전이성 식도암 환자와 비전이성 식도암 환자의 체액 중에 포함되는 유전자, 단백질, 대사산물 등의 양을 측정하는 방법 등을 들 수 있다.
DNA 어레이를 이용한 발현 유전자량 해석은 최근 이러한 마커 탐색의 수법으로서 특히 범용되고 있다. DNA 어레이에는 수백 내지 수만종의 유전자에 대응한 염기 서열을 이용한 프로브가 고정되어 있다. 피검 시료를 DNA 어레이에 첨가함으로써 시료 중이 유전자가 프로브와 결합하고, 이 결합량을 어떠한 수단에 의해서 측정함으로써, 피검 시료 중 유전자량을 알 수 있다. DNA 어레이 상에 고정화하는 프로브에 대응한 유전자의 선택은 자유롭고, 또한 피검 시료에 수술시에 림프절 전이가 있었던 환자 유래의 식도암 세포와 수술시에 림프절 전이가 없던 환자 유래의 식도암 세포를 이용하여, 시료 중 발현 유전자량을 비교함으로써 식도 전이암 마커가 될 수 있는 유전자군을 추정하는 것이 가능하다.
상기한 과제를 해결하기 위해서, 본 발명자들은 식도암 조직 및 비암 조직이 유전자 발현을 DNA 어레이에 의해서 해석하여, 식도암의 검출 마커에 사용 가능한 유전자를 발견하고, 추가로 이들의 유전자의 발현량이 비암 조직과 비교하여 식도암 조직에서 유의하게 변화하고 있는 것, 식도암 환자와 건강한 정상인의 혈장에서 식도암 환자에게 특이적으로 검출되는 단백질 마커가 존재하는 것을 발견하며, 또한 수술시에 림프절 전이가 있었던 환자 유래의 식도암 조직과 수술시에 림프절 전이가 없던 환자 유래의 식도암 조직의 유전자 발현을 DNA 어레이에 의해서 해석하여, 식도암 전이의 검출 마커로서 사용 가능한 유전자를 발견하고, 이들 유전자의 발현량이 수술시에 림프절 전이가 없던 환자 유래의 식도암 세포에 비해 수술시에 림프절 전이가 있었던 환자 유래의 식도암 세포에서 유의하게 변화하고 있는 것을 발견하여 본 발명을 완성시켰다.
1. 발명의 개요
본 발명은 이하의 특징을 갖는다.
(1) 하기의 I군, II군 및/또는 III군으로부터 선택되는 1 또는 2 이상의 프로브를 포함하여 이루어지는, 피험자에서의 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 조성물.
I군:
(a) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편,
(b) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드,
(c) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편,
(d) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및
(e) 상기 (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는(hybridize) 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편
을 포함하는 폴리뉴클레오티드;
II군:
(f) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편,
(g) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드,
(h) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편,
(i) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및
(j) 상기 (f) 내지 (i) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편
을 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및
III군:
(k) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드, 또는 서열 95 내지 140으로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체,
(l) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드 또는 서열 182 내지 195, 197 내지 201로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체, 및
(m) 서열 202 내지 232로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체
를 포함하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체.
(2) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군 및 III군 (k)의 각 프로브에 의해서 식도암의 존재 또는 전이를 검출, 판정 또는 예측할 수 있는 조성물.
(3) 상기 (1)에 있어서, 상기 II군 및 III군 (l), (m)의 각 프로브에 의해서 식도암의 존재를 검출, 판정 또는 예측할 수 있는 조성물.
(4) 상기 (1)에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드가 DNA 또는 RNA인 조성물.
(5) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군 및 II군에서의 단편이 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(6) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군 및 II군에서의 단편이 서열 1 내지 46, 142 내지 155, 157 내지 161 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열에서 각각 서열 48 내지 93, 162 내지 175, 177 내지 181 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(7) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군 및 II군에서의 단편이 서열 48 내지 93, 162 내지 175, 177 내지 181 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열, 또는 이들에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(8) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군의 프로브에 추가로, 서열 47로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편을 프로브로서 더 포함하는 조성물.
(9) 상기 (8)에 있어서, 상기 단편이 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(10) 상기 (8)에 있어서, 상기 단편이 서열 47로 표시되는 염기 서열에서 서열 94로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(11) 상기 (8)에 있어서, 상기 단편이 서열 94로 표시되는 염기 서열, 또는 이것에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(12) 상기 (1)에 있어서, 상기 II군의 프로브에 추가로, 서열 156으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편을 프로브로서 더 포함하는 조성물.
(13) 상기 (12)에 있어서, 상기 단편이 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(14) 상기 (12)에 있어서, 상기 단편이 서열 156으로 표시되는 염기 서열에서 서열 176으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(15) 상기 (12)에 있어서, 상기 단편이 서열 176으로 표시되는 염기 서열, 또는 이것에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 조성물.
(16) 상기 (1)에 있어서, 상기 III군 (m)의 프로브에 추가로, 서열 233으로 표시되는 폴리펩티드, 그의 변이체 또는 그의 단편 중 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체를 더 포함하는 조성물.
(17) 상기 (1)에 있어서, 상기 폴리펩티드 또는 변이체의 단편이 7개 이상의 아미노산을 포함하는 에피토프를 포함하는 것인 조성물.
(18) 상기 (1)에 있어서, 상기 항체가 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체, 합성 항체, 재조합 항체, 다중 특이성 항체 또는 단쇄 항체인 조성물.
(19) 상기 (1)에 있어서, 상기 I군 및/또는 II군, 또는 III군으로부터 선택되는 2 이상의 프로브를 단독으로 또는 조합하여 포함하는 조성물.
(20) 상기 (1)에 기재된 I군, II군 및/또는 III군으로부터 선택되는 1 또는 2 이상의 프로브를 포함하는, 피험자에서의 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 키트.
(21) 상기 (20)에 있어서, 서열 47로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편을 프로브로서 더 포함하는 키트.
(22) 상기 (20)에 있어서, 서열 156으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편을 프로브로서 더 포함하는 키트.
(23) 상기 (20)에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드가 서열 1 내지 46, 47 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편인 키트.
(24) 상기 (20)에 있어서, 상기 폴리뉴클레오티드가 서열 142 내지 155, 156, 157 내지 161 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 이들 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 이들 폴리뉴클레오티드의 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 단편인 키트.
(25) 상기 (20)에 있어서, 상기 I군 및 II군에서의 단편이 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드인 키트.
(26) 상기 (20)에 있어서, 상기 I군에서의 단편이 서열 1 내지 46, 47 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열에서 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 중에 각각 서열 48 내지 93, 94 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 키트.
(27) 상기 (20)에 있어서, 상기 II군에서의 단편이 서열 142 내지 155, 156, 157 내지 161 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열에서 60 이상의 연속한 염기를 포함하는 폴리뉴클레오티드 중에 각각 서열 162 내지 175, 176, 177 내지 181 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 또는 상기 폴리뉴클레오티드 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 키트.
(28) 상기 (20)에 있어서, 상기 I군 또는 II군에서의 단편이 서열 48 내지 93, 94, 162 내지 175, 176, 177 내지 181 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열 또는 이들에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 키트.
(29) 상기 (20)에 있어서, 상기 I군 또는 II군에서의 단편이 서열 48 내지 93, 94, 162 내지 175, 176, 177 내지 181 중 어느 하나로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드인 키트.
(30) 상기 (20)에 있어서, 서열 48 내지 93, 94로 표시되는 염기 서열 또는 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 2 이상 내지 전부 포함하는 키트.
(31) 상기 (20)에 있어서, 서열 162 내지 175, 176, 177 내지 181로 표시되는 염기 서열 또는 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 2 이상 내지 전부 포함하는 키트.
(32) 상기 (20)에 있어서, 상기 프로브가 단독으로 또는 조합하여 다른 용기에 포장되어 있는 키트.
(33) 상기 (1)에 기재된 I군 및/또는 II군으로부터 선택되는 1 또는 2 이상의 프로브를 포함하는, 피험자에서의 식도암의 존재 또는 전이 중 어느 하나를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 DNA 칩.
(34) 상기 (33)에 있어서, 서열 47로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체 및/또는 그의 단편을 더 포함하는 DNA 칩.
(35) 상기 (33)에 있어서, 서열 156으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체 및/또는 그의 단편을 더 포함하는 DNA 칩.
(36) 상기 (33)에 있어서, 서열 48 내지 93, 94로 표시되는 염기 서열 또는 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 2 이상 내지 전부 포함하는 DNA 칩.
(37) 상기 (33)에 있어서, 서열 162 내지 175, 176, 177 내지 181로 표시되는 염기 서열 또는 그의 상보적 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 2 이상 내지 전부 포함하는 DNA 칩.
(38) 피험자 유래의 생체 시료 중 1 또는 복수개의 식도암 관련 표적 핵산의 존재, 존재량 또는 발현량을, 상기 (1)에 기재된 I군, II군 및/또는 III군으로부터 선택되는 프로브를 이용하여 시험관 내에서 측정하는 것을 포함하는, 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하는 방법.
(39) 상기 (38)에 있어서, 상기 측정을 DNA 칩을 이용하여 행하는 방법.
(40) 상기 (38)에 있어서, 상기 식도암의 존재 또는 전이의 검출, 판정 또는 예측을 대조 시료로부터의 변화를 지표로 하여 결정하는 방법.
(41) 상기 (38)에 있어서, 상기 측정을 면역학적 방법에 의해서 행하는 방법.
(42) 상기 (41)에 있어서, 상기 면역학적 방법에 의한 측정이 상기 III군의 항체, 그의 단편, 또는 그의 화학수식 유도체를 이용하여 행해지는 방법.
(43) 상기 (42)에 있어서, 상기 항체, 그의 단편, 또는 그의 화학수식 유도체가 표지되어 있는 방법.
(44) 상기 (38)에 있어서, 상기 생체 시료가 식도 유래의 조직 또는 세포, 혈액, 혈장, 혈청, 또는 뇨인 방법.
(45) 피험자 유래의 생체 시료 중 1 또는 복수개의 식도암 관련 표적 핵산의 존재, 존재량 또는 발현량을, 상기 (1) 내지 (19) 중 어느 한 항에 기재된 조성물, 상기 (20) 내지 (32) 중 어느 한 항에 기재된 키트 또는 상기 (33) 내지 (37) 중 어느 한 항에 기재된 DNA 칩을 이용하여 시험관 내에서 측정하는 것을 포함하는, 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하는 방법.
(46) 상기 (1)에 기재된 I군으로부터 선택되는 프로브, 또는 상기 프로브를 포함하는, 상기 (1) 내지 (19) 중 어느 한 항에 기재된 조성물, 상기 (20) 내지 (32) 중 어느 한 항에 기재된 키트 또는 상기 (33) 내지 (37) 중 어느 한 항에 기재된 DNA 칩을 이용하여,
(1) 전이를 수반하는 식도암 또는 전이를 수반하지 않는 식도암 세포를 포함하는 조직인 것으로 이미 알려진 복수개의 생체 시료 중 식도암 관련 표적 핵산의 발현량을 시험관 내에서 측정하는 제1 공정,
(2) 상기 제1 공정에서 얻어진 상기 표적 핵산의 발현량의 측정값을 교사로 한 판별식(서포트 벡터 머신)을 제조하는 제2 공정,
(3) 피험자의 식도 유래의 생체 시료 중 상기 표적 핵산의 발현량을 제1 공정과 마찬가지로 시험관 내에서 측정하는 제3 공정,
(4) 상기 제2 공정에서 얻어진 판별식에 제3 공정에서 얻어진 상기 표적 핵산의 발현량의 측정값을 대입하고, 상기 판별식으로부터 얻어진 결과에 기초하여 생체 시료 중에 전이를 수반하는 암세포가 포함되지 않는 것 및/또는 전이를 수반하지 않는 암세포가 포함되는 것을 판정하는 제4 공정
을 포함하는, 식도암의 전이를 검출, 판정 또는 예측하는 방법.
(47) 상기 (1)에 기재된 II군으로부터 선택되는 프로브, 또는 상기 프로브를 포함하는, 상기 (1) 내지 (19) 중 어느 한 항에 기재된 조성물, 상기 (20) 내지 (32) 중 어느 한 항에 기재된 키트, 또는 상기 (33) 내지 (37) 중 어느 하나에 기재된 DNA 칩을 이용하여,
(1) 식도암 세포를 포함하는 조직 또는 정상 조직인 것으로 이미 알려진 복수개의 생체 시료 중 표적 핵산의 발현량을 시험관 내에서 측정하는 제1 공정,
(2) 상기 제1 공정에서 얻어진 상기 표적 핵산의 발현량의 측정값을 교사로 한 판별식(서포트 벡터 머신)을 제조하는 제2 공정,
(3) 피험자의 식도 유래의 생체 시료 중 상기 표적 핵산의 발현량을 제1 공정과 마찬가지로 시험관 내에서 측정하는 제3 공정,
(4) 상기 제2 공정에서 얻어진 판별식에 제3 공정에서 얻어진 상기 표적 핵산의 발현량의 측정값을 대입하고, 상기 판별식으로부터 얻어진 결과에 기초하여 생체 시료 중에 암세포가 포함되는 것 또는 암세포가 포함되지 않는 것을 판정하는 제4 공정
을 포함하는, 식도암을 검출하는 방법.
(48) 상기 (1)에 기재된 I군, II군 및/또는 III군으로부터 선택되는 프로브, 또는 상기 프로브를 포함하는, 상기 (1) 내지 (19) 중 어느 한 항에 기재된 조성물, 상기 (20) 내지 (32) 중 어느 한 항에 기재된 키트, 또는 상기 (33) 내지 (37) 중 어느 한 항에 기재된 DNA 칩의, 피험자 유래의 생체 시료 중 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 용도.
2. 정의
본 명세서 중에서 사용하는 용어는 이하의 정의를 갖는다.
본 명세서에서 "프로브"란, 식도암의 존재 또는 전이를 검출, 판정 또는 예측하기 위한, 식도암 관련 마커인 특정한 유전자류 또는 이들을 코드하는 폴리펩티드류와 결합 가능한 핵산, 항체 또는 이들의 균등물을 가리킨다.
본 명세서 중에서 특별히 언급하지 않는 한, 뉴클레오티드, 폴리뉴클레오티드, 아미노산, 펩티드, 폴리펩티드, 단백질 등 용어의 의미 및 이들의 약호에 의한 표시는 당 기술 분야에서의 관용의 의미 및 표시에 따른다.
본 명세서에서 "폴리뉴클레오티드"란, RNA 및 DNA를 모두 포함하는 핵산으로서 이용된다. 또한, 상기 DNA에는 cDNA, 게놈 DNA 및 합성 DNA가 모두 포함된다. 또한 상기 RNA에는 전체 RNA, mRNA, rRNA 및 합성 RNA가 모두 포함된다. 또한, 본 명세서에서는 폴리뉴클레오티드는 핵산과 호환적으로 사용된다.
본 명세서에서 "cDNA"란, 유전자의 발현에 의해서 발생한 RNA에 상보적인 서열의 DNA쇄 전체 길이 및 그 부분 서열을 포함하는 DNA 단편을 포함한다. cDNA는 RNA를 주형으로 하여, 폴리 T 프라이머를 이용하는 RT-PCR(역전사 효소-폴리메라제 연쇄 반응)에 의해서 합성될 수 있다.
본 명세서에서 "유전자"란, 2개쇄 DNA뿐만 아니라, 그것을 구성하는 정쇄(또는 센스쇄) 또는 상보쇄(또는 안티센스쇄) 등의 각 1개쇄 DNA를 의미한다. 또한 그 길이에 의해서 특별히 제한되는 것은 아니다. 따라서, 본 명세서에서 "유전자"는 특별히 언급하지 않는 한, 인간게놈 DNA를 포함하는 2개쇄 DNA, cDNA를 포함하는 1개쇄 DNA(정쇄), 상기 정쇄와 상보적인 서열을 갖는 1개쇄 DNA(상보쇄) 및 이들 단편 모두를 포함한다. 또한 상기 "유전자"는 특정한 염기 서열(또는 서열)로 표시되는 "유전자"뿐만 아니라, 동족체(즉, 호모로그)와 같이 이들에 의해서 코드되는 단백질과 생물학적 기능이 동등한 단백질, 스플라이스바리언트 등의 변이체, 및 유도체를 코드하는 "유전자"가 포함된다. 이러한 동족체, 변이체 또는 유도체를 코드하는 "유전자"로는, 구체적으로는 후술하는 엄격한 조건하에서 상기한 서열 1 내지 47, 142 내지 161 등으로 표시되는 어느 하나의 특정한 염기 서열과 상보적인 서열을 하이브리드화한 염기 서열을 갖는 "유전자"를 들 수 있다.
예를 들면 인간 유래의 단백질의 동족체(즉, 호모로그) 또는 그것을 코드하는 유전자로는, 해당 단백질 또는 그것을 코드하는 인간 유전자에 대응하는 타생물종의 단백질 호모로그 또는 유전자를 예시할 수 있고, 이들 단백질 또는 유전자 호모로그는 호로로진(HomoloGene)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homoloGene/)에 의해 동정할 수 있다. 구체적으로는, 특정한 인간 아미노산 또는 염기 서열을 BLAST 프로그램(문헌[Karlin, S. 등, Proceedings of the National Academic Sciences, U.S.A., 1993년, 제90권, p.5873-5877, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/])에 걸쳐서 일치하는(점수가 가장 높고, E-값이 0이며 동정이 100 %를 나타냄) 서열의 등록번호를 취득할 수 있다. BLAST 프로그램으로는, BLASTN(유전자), BLASTX(단백질) 등이 알려져 있다. 예를 들면, 유전자 검색의 경우, 상기 BLAST 검색으로부터의 등록번호를 유니진(UniGene)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/)에 입력하여 얻어진 유니진클러스터(UniGeneCluster) ID(Hs.로 나타내는 번호)를 호모진에 입력한다. 결과적으로 얻어진 타생물종 유전자와 인간 유전자와의 유전자 호모로그의 상관을 나타낸 리스트로부터, 특정한 염기 서열로 표시되는 인간 유전자에 대응하는 유전자 호모로그로서, 타생물종의 유전자를 선발할 수 있다. 또한 이 방법에서, BLAST 프로그램 대신에 FASTA 프로그램(http://www.ddbj.nig.ac.jp/search/fasta-e.html)를 이용할 수도 있다.
또한, "유전자"는 기능 영역뿐만 아니라, 예를 들면 발현 제어 영역, 코드 영역, 엑손 또는 인트론을 포함할 수 있다.
본 명세서에서 "전사산물"이란, 유전자의 DNA 서열을 주형으로 하여 합성된 메신저 RNA(mRNA)의 것을 말한다. RNA 폴리메라제가 유전자의 상류에 있는 프로모터라 불리는 부위에 결합하고, DNA의 염기 서열에 상보적이 되도록 3' 말단에 리보뉴클레오티드를 결합시키는 형태로 메신저 RNA가 합성된다. 이 메신저 RNA에는 유전자 그 자체뿐만 아니라, 발현 제어 영역, 코드 영역, 엑손 또는 인트론을 비롯한 전사 개시점에서 폴리 A 서열의 말단에 이르기까지의 전체 서열이 포함된다.
본 명세서에서 "번역산물"이란, 전사에 의해서 합성된 메신저 RNA가 스플라이싱 등의 수식을 받는/받지 않는 것에 관계없이, 그 정보를 바탕으로 합성된 단백질을 나타낸다. 메신저 RNA의 번역 과정에서는, 우선 리보솜과 메신저 RNA가 결합하고, 이어서 메신저 RNA의 염기 서열에 따라서 아미노산이 연결되고, 단백질이 합성된다.
본 명세서에서 "프라이머"란, 유전자의 발현에 의해서 발생한 RNA 또는 그것에서 유래하는 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 인식하고 증폭시키는, 연속하는 폴리뉴클레오티드 및/또는 그것에 상보적인 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
여기서 상보적인 폴리뉴클레오티드(상보쇄 또는 역쇄)란, 서열에 의해서 정의되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드의 전체 길이 서열, 또는 그 부분 서열(여기서는 편의상, 이것을 정쇄라 함)에 대하여 A:T(U), G:C라는 염기대합에 기초하여, 염기적으로 상보적인 관계에 있는 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 단, 이러한 상보쇄는 대상으로 하는 정쇄의 염기 서열과 완전히 상보 서열을 형성하는 경우에 한정되지 않고, 대상으로 하는 정쇄와 엄격한 조건하에서 하이브리드화할 수 있는 정도의 상보 관계를 갖는 것일 수도 있다.
본 명세서에서 "엄격한 조건"이란, 프로브가 다른 서열에 대해 하이브리드화하는 것보다도, 보다 큰 정도(예를 들면, 백 그라운드보다도 적어도 2배)로 검출 가능하도록 그 표적 서열에 대하여 하이브리드화하는 조건을 말한다. 엄격한 조건은 서열 의존성이고, 하이브리드화가 행해지는 환경에 따라 다르다. 하이브리드화 및/또는 세정 조건의 엄격한 정도를 제어함으로써, 프로브에 대하여 100 % 상보적인 표적 서열이 동정될 수 있다.
본 명세서에서 "변이체"란, 핵산의 경우, 다형성, 돌연변이, 전사시의 선택적 스플라이싱 등에 기인한 천연의 변이체, 또는 유전암호의 축중에 기초하는 변이체, 또는 서열 1 내지 47, 142 내지 161 등으로 표시되는 염기 서열 또는 그 부분 서열에서 1 이상, 바람직하게는 1 또는 수개의 염기의 결실(缺失), 치환, 부가 또는 삽입을 포함하는 변이체, 또는 상기 염기 서열 또는 그 부분 서열과 약 80 % 이상, 약 85 % 이상, 약 90 % 이상, 약 95 % 이상, 약 97 % 이상, 약 98 % 이상, 약 99 % 이상의 % 동일성을 나타내는 변이체, 또는 상기 염기 서열 또는 그 부분 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드와 상기 정의의 엄격한 조건으로 하이브리드화하는 핵산을 의미하고, 한편 단백질 또는 펩티드의 경우, 서열 95 내지 141, 182 내지 201, 202 내지 233 등으로 표시되는 아미노산 서열 또는 그 부분 서열에서 1 이상, 바람직하게는 1 또는 수개의 아미노산의 결실, 치환, 부가 또는 삽입을 포함하는 변이체, 또는 상기 아미노산 서열 또는 그 부분 서열과 약 80 % 이상, 약 85 % 이상, 약 90 % 이상, 약 95 % 이상, 약 97 % 이상, 약 98 % 이상, 약 99 % 이상의 % 동일성을 나타내는 변이체를 의미한다.
본 명세서에서 "수개"란, 약 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 또는 2의 정수를 의미한다.
본 명세서에서 "% 동일성"은 상기한 BLAST이나 FASTA에 의한 단백질 또는 유전자의 검색 시스템을 이용하여, 갭을 도입하거나 또는 도입하지 않고 결정할 수 있다(문헌[Karlin, S. 등, 1993년, Proceedings of the National Academic Sciences, U.S.A., 제90권, p.5873-5877]; [Altschul, S. F. 등, 1990년, Journal of Molecular Biology, 제215권, p.403-410]; [Pearson, W. R. 등, 1988년, Proceedings of the National Academic Sciences, U.S.A., 제85권, p.2444-2448]).
본 명세서에서 "유도체"란, 핵산의 경우, 형광단 등에 의한 라벨화 유도체, 수식 뉴클레오티드(예를 들면 할로겐, 메틸 등의 알킬, 메톡시 등의 알콕시, 티오, 카르복시메틸 등의 기를 포함하는 뉴클레오티드 및 염기의 재구성, 이중 결합의 포화, 탈아미노화, 황 분자에 의한 산소 분자의 치환 등을 받은 뉴클레오티드 등)를 포함하는 유도체 등을 의미하며, 한편 단백질의 경우, 효소, 형광단, 방사성 동위원소 등의 라벨에 의한 라벨화 유도체, 또는 아세틸화, 아실화, 알킬화, 인산화, 황산화, 글리코실화 유도체 등의 화학수식 유도체를 의미한다.
본 명세서에서, "진단용 조성물"이나 "질환 판정용 조성물" 등의 용어는 식도암의 이환(罹患)이나 전이(또는 전이의 가능성)의 유무, 이환의 정도 또는 개선의 유무나 개선의 정도를 진단, 검출, 판정 또는 예측하기 위해서 또는 식도암의 예방, 개선 또는 치료에 유용한 후보 물질을 스크리닝하기 위해서 직접 또는 간접적으로 이용되는 것을 말한다. 이것에는 식도암의 이환이나 전이와 관련하여 생체 내, 특히 식도 조직에서의 발현이 변화 또는 변동하는 유전자를 특이적으로 인식하고, 결합할 수 있는 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드, 및 상기 유전자의 번역산물인 단백질을 검출할 수 있는 항체 등이 포함된다. 이들 뉴클레오티드, 올리고뉴클레오티드 및 폴리뉴클레오티드는 상기 성질에 기초하여 생체 내, 조직이나 세포 내 등에서 발현한 상기 유전자를 검출하기 위한 프로브로서, 또는 생체 내에서 발현한 상기 유전자를 증폭하기 위한 프라이머로서 유효하게 이용할 수 있다.
본 명세서에서 검출·진단 대상이 되는 "생체 조직"이란, 식도암의 발생과 함께 본 발명의 유전자가 발현 변화하는 조직을 가리킨다. 구체적으로는 식도 조직 및 그 주변의 림프절, 또한 전이가 의심되는 다른 장기 등을 가리킨다.
본 명세서에서 검출·진단 대상이 되는 "생체 시료"란, 식도암의 발생과 함께 출현하는 표적 폴리펩티드를 함유하거나, 또는 그 함유가 의심되는 생체로부터 채취된 시료를 말한다.
본 명세서에서 "특이적으로 결합한다"란, 항체 또는 그의 단편이 본 발명의 표적 폴리펩티드, 그의 변이체, 또는 그의 단편과의 항원-항체 복합체만을 형성하고, 다른 펩티드성 또는 폴리펩티드성 물질이란 상기 복합체를 실질적으로 형성하지 않는 것을 의미한다. 여기서 "실질적이다"란, 정도는 작지만 비특이적인 복합체 형성이 발생하여 얻어지는 것을 의미한다.
본 명세서에서 "에피토프"란, 본 발명의 표적 폴리펩티드, 그의 변이체 또는 그의 단편에서 항원성 또는 면역 원성을 갖는 부분 아미노산 영역(항원 결정기)을 가리킨다. 에피토프는 통상 적어도 5 아미노산, 바람직하게는 적어도 7 아미노산, 보다 바람직하게는 적어도 10 아미노산을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 "AXL 유전자" 또는 "AXL"이라는 용어는 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 1)로 표시되는 AXL 수용체 티로신 키나제 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 1에 기재된 AXL 유전자(유전자은행 등록 번호(GenBank Accession No.) NM_021913)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. AXL 유전자는 문헌[O'Bryan, J. P. 등, 1991년, Molecular Cellar Biology, 제11권, p.5016-5031]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "C6orf54 유전자" 또는 "C6orf54"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 2)로 표시되는 염색체 6 오픈 리딩 프레임 54 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 2에 기재된 C6orf 54 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_014354)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. C6orf54 유전자는 문헌[Minaguchi, T. 등, 1999년, DNA Research, 제6권, p.131-136]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ZBTB11 유전자" 또는 "ZBTB11"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 3)로 표시되는 아연 핑거 및 BTB 도메인 함유(zinc finger and BTB Domain Containing) 11 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 3에 기재된 ZBTB11 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_014415)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. ZBTB11 유전자는 탕, 씨. 엠.(Tang, C. M.) 등에 의해 1996년에 클로닝되어 있다.
본 명세서에서 사용되는 "TNFRSF14 유전자" 또는 "TNFRSF14"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 4)로 표시되는 종양괴사인자 수용체 슈퍼패밀리, 멤버 14 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 4에 기재된 TNFRSF14 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_003820)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. TNFRSF14 유전자는 문헌[Montgomery, R. I. 등, 1996년, Cell, 제87권, p.427-436]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "NSUN5 유전자" 또는 "NSUN5"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 5)로 표시되는 NOL1/NOP2/선 도메인 패밀리, 멤버 5 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 5에 기재된 NSUN5 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_018044)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. NSUN5 유전자는 문헌[Doll, A. 등, 2001년, Cytogenetics and Cell genetics, 제95권, p.20-27]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "SPEN 유전자" 또는 "SPEN"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 6)로 표시되는 스펜 호모로그 전사 제어인자 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 6에 기재된 SPEN 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_015001)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SPEN 유전자는 문헌[Newberry, E. P. 등, 1999년, Biochemistry, 제38권, p.10678-10690]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "LTBP3 유전자" 또는 "LTBP3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 7)로 표시되는 잠재성 형질전환 성장 인자베타 결합 단백질 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 7에 기재된 LTBP3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_021070)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SPEN 유전자는 문헌[Yin, W. 등, 1995년, Journal of Biological Chemistry, 제270권, p.10147-10160]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "SYNGR1 유전자" 또는 "SYNGR1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 8)로 표시되는 시냅토자이린 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 8에 기재된 SYNGR1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004711)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SYNGR1 유전자는 문헌[Kedra, D. 등, 1998년, Human Genetics, 제103권, p.131-141]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ARL3 유전자" 또는 ARL3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 9)로 표시되는 ADP-리보실화 인자형 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 9에 기재된 ARL3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004311)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SYNGR1 유전자는 문헌[Cavenagh, M. M. 등, 1994년, Journal of Biological Chemistry, 제269권, p.18937-18942]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "SLC13A1 유전자" 또는 "SLC13A1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 10)로 표시되는 용질 담체 패밀리13(나트륨/황산염 공수용체), 멤버 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 10에 기재된 SLC13A1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_022444)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SLC13A1 유전자는 문헌[Lee, A. 등, 2000년, Genomics, 제70권, p.354-363]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "RALGDS 유전자" 또는 "RALGDS"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 11)로 표시되는 랄 구아닌 뉴클레오티드 분리 자극제 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 11에 기재된 RALGDS 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_006266)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. RALGDS 유전자는 문헌[Albright, C. F. 등, 1993년, EMBO Journal, 제12권, p.339-347]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ADD3 유전자" 또는 "ADD3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 12)로 표시되는 어더신 3(감마) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 12에 기재된 ADD3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_019903)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. RADD3 유전자는 문헌[Katagiri, T. 등, 1996년, Cytogenetics and Cell genetics, 제74권, p.90-95]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "MAP3K12 유전자" 또는 "MAP3K12"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 13)로 표시되는 분열 촉진 인자 활성화 단백질 키나제 12 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 13에 기재된 MAP3K12 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_006301)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. MAP3K12 유전자는 문헌[Reddy, U. R. 등, 1994년, Biochemical Biophysical Research Communications, 제202권, p.613-620]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "AVPI1 유전자" 또는 "AVPI1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 14)로 표시되는 알기닌 바소프레신 유도 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 14에 기재된 AVPI1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_021732)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. AVPI1 유전자는 문헌[Nicod, M. 등, 2002년, EMBO Journal, 제21권, p.5109-5117]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "GIMAP6 유전자" 또는 "GIMAP6"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 15)로 표시되는 GTP아제, IMAP 패밀리 멤버 6 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 15에 기재된 GIMAP6 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_024711)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. GIMAP6 유전자는 문헌[Stamm, O. 등, 2002년, Gene, 제282권, p 159-167]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "FLJ11259 유전자" 또는 "FLJ11259"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 16)로 표시되는 FLJ11259 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 16에 기재된 FLJ11259 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_018370)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. FLJ11259 유전자는 문헌[Ota, T. 등, 2002년, Nature Genetics, 제36권, p.40-45]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "C3AR1 유전자" 또는 "C3AR1"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 17)로 표시되는 상보 성분 3R 수용체 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열: 17에 기재된 C3AR1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004054)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. C3AR1 유전자는 문헌[Ames, R. S. 등, 1996년, Journal of Biological Chemistry, 제271권, p.20231-20234]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PCGF2 유전자" 또는 "PCGF2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 18)로 표시되는 폴리콤 그룹 링 핑거 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 18에 기재된 PCGF2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_007144)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. PCGF2 유전자는 문헌[Tagawa, M. 등, 1990년, Journal of Biological Chemistry, 제265권, p.20021-20026]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PDE6D 유전자" 또는 "PDE6D"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 19)로 표시되는 포스포디에스테라제 6D, cGMP-특이, 로드, 델타 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 19에 기재된 PDE6D 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_002601)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. PDE6D 유전자는 문헌[Florio, S. K. 등, 1996년, Journal of Biological Chemistry, 제271권, p.24036-24047]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PLCG2 유전자" 또는 "PLCG2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 20)로 표시되는 포스폴리파제 C, 감마 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 20에 기재된 PLCG2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_002661)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. PLCG2 유전자는 문헌[Kang, J. S. 등, 1996년, FEBBS Letters, 제399권, p.14-20]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "GPR148 유전자" 또는 "GPR148"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 21)로 표시되는 g 단백 결합 수용체 148 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 21에 기재된 GPR148 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_207364)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. GPR148 유전자는 문헌[Vassilatis, D. K. 등, 2003년, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 제100권, p.4903-4908]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ARF6 유전자" 또는 "ARF6"이라는 용어는 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 22)로 표시되는 ADP-리보실화 인자 6 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 22에 기재된 ARF6 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001663)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. ARF6 유전자는 문헌[Cavenagh, M. M. 등, 1996년, Journal of Biological Chemistry, 제271권, p.21767-21774]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "NISCH 유전자" 또는 "NISCH"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 23)로 표시되는 니샤린 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 23에 기재된 NISCH 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_007184)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. NISCH 유전자는 문헌[Ivanov, T. R. 등, 1998년, Journal of the Autonomic Nervous System, 제72권, p.98-110]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "GLYAT 유전자" 또는 "GLYAT"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 24)로 표시되는 글리신-N-아실트랜스페라제 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 24에 기재된 GLYAT 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005838)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. GLYAT 유전자는 문헌[Schachter, D. 등, 1976년, Journal of Biological Chemistry, 제251권, p.3352-3358]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "IGHM 유전자" 또는 "IGHM"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 25)로 표시되는 면역글로불린 중쇄 불변 mu 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 25에 기재된 IGHM 유전자(유전자은행 등록 번호 NG_001019)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. IGHM 유전자는 문헌[Ravetch, J. V. 등, 1981년, Cell, 제27권, p.583-591]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "FBXO38 유전자" 또는 "FBXO38"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 26)로 표시되는 F-박스 단백질 38 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 26에 기재된 FBXO38 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_205836)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. FBXO38 유전자는 문헌[Smaldone, S. 등, 2004년, Molecular and cellular Biology, 제24권, p.1058-1069]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "SLC12A1 유전자" 또는 "SLC12A1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 27)로 표시되는 용질 담체 패밀리12(나트륨/칼륨/염산염 수송자), 맴버 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 27에 기재된 SLC12A1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_000338)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SLC12A1 유전자는 문헌[Simon, D. B. 등, 1996년, Nature Genetics, 제13권, p.183-188]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PGDS 유전자" 또는 "PGDS"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 28)로 표시되는 프로스타글라딘 D2 신타제, 조열 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 28에 기재된 PGDS 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_014485)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. PGDS 유전자는 문헌[Kanaoka, Y. 등, 1997년, Cell, 제90권, p.1085-1095]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "CD48 유전자" 또는 "CD48"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 29)로 표시되는 CD48 항원 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 29에 기재된 CD48 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001778)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. CD48 유전자는 문헌[Staunton, D. E. 등, 1987년, EMBO Journal, 제6권, p.3695-3701]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "IMPA2 유전자" 또는 "IMPA2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 30)로 표시되는 이노시톨(미오)-1(또는 4)-모노포스파타제 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 30에 기재된 IMPA2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_014214)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. IMPA2 유전자는 문헌[Yoshikawa, T. 등, 1997년, Molecular psychiatry, 제2권, p.393-397]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "HSPA6 유전자" 또는 "HSPA6"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 31)로 표시되는 열쇼크 70kDa 단백질6(HSP70B') 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 31에 기재된 HSPA6 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_002155)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. HSPA6 유전자는 문헌[Voellmy, R. 등, 1985년, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 제82권, p.4949-4953]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "EIF3S9 유전자" 또는 "EIF3S9"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 32)로 표시되는 진핵성 번역 개시 인자 3, 서브유닛 9 에타, 116 kDa 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 32에 기재된 EIF3S9 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_003751)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. EIF3S9 유전자는 문헌[Methot, N. 등, 1997년, Journal of Biological Chemistry, 제272권, p.1110-1116]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ZNF659 유전자" 또는 "ZNF659"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 33)로 표시되는 아연 핑거 단백질 659 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 33에 기재된 ZNF659 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_024697)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. ZNF659 유전자는 2000년에, 스가노, 에스.(Sugano, S.) 등에 의해 클로닝되어 있다.
본 명세서에서 사용되는 "RAB6C 유전자" 또는 "RAB6C"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 34)로 표시되는 RAB6C, 멤버 RAS 옹코진 패밀리 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 34에 기재된 RAB6C 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_032144)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. RAB6C 유전자는 문헌[Fitzgerald, M. L. 등, 1999년, Biochemical Journal, 제342권, p.353-360]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "NOL1 유전자" 또는 "NOL1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 35)로 표시되는 핵인 단백질 1, 120 kDa 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 35에 기재된 NDL1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_006170)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. NOL1 유전자는 문헌[Freeman, J. W. 등, 1988년, Cancer Research, 제48권, p.1244-1251]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "DAB2 유전자" 또는 "DAB2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 36)로 표시되는 무력화 호모로그 2, 마이토젠-반응성 포스포프로틴 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 36에 기재된 DAB2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001343)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. DAB2 유전자는 문헌[Mok, S. C. 등, 1994년, Gynecologic oncology, 제52권, p.247-252]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "EBI3 유전자" 또는 "EBI3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 37)로 표시되는 엡스타인-바아 바이러스 유발 유전자 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 37에 기재된 EBI3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005755)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. EBI3 유전자는 문헌[Devergne, O. 등, 1996년, Journal of virology, 제70권, p.1143-1153]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PRSS3 유전자" 또는 "PRSS3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 38)로 표시되는 프로테아제, 세린, 3(메소트립신) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 38에 기재된 PRSS3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_002771)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. PRSS3 유전자는 문헌[Robinson, M. A. 등, 1993년, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 제90권, p.2433-2437]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "GLB1 유전자" 또는 "GLB1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 39)로 표시되는 갈락토시다제, 베타 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 39에 기재된 GLB1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_000404)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. GLB1 유전자는 문헌[Shows, T. B. 등, 1979년, Somatic Cell Genetics, 제5권, p.147-158]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "SAMSN1 유전자" 또는 "SAMSN1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 40)로 표시되는 SAM 도메인, SH3 도메인 및 핵 국재화 시그널, 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 40에 기재된 SAMSN1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_022136)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. SAMSN1 유전자는 문헌[Claudio, J. O. 등, 2001년, Oncogene, 제20권, p.5373-5377]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "AQP3 유전자" 또는 "AQP3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 41)로 표시되는 아쿠아포린 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 41에 기재된 AQP3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004925)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. AQP3 유전자는 문헌[Ishibashi, K. 등, 1994년, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 제91권, p.6269-6273]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "CAPZA2 유전자" 또는 "CAPZA2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 42)로 표시되는 캡핑 단백질(액틴 필라멘트) 근육 근선, 알파 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 42에 기재된 CAPZA2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_006136)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. CAPZA2 유전자는 문헌[Barron-Casella, E. A. 등, 1995년, Journal of Biological Chemistry, 제270권, p.21472-21479]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "B4GALT2 유전자" 또는 "B4GALT2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 43)로 표시되는 UDP-Gal: 베타GlcNAc 베타 1,4-갈락토실트랜스퍼라제, 폴리펩티드 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 43에 기재된 B4GALT2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_003780)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. B4GALT2 유전자는 문헌[Almeida, R. 등, 1997년, Journal of Biological Chemistry, 제272권, p.31979-31991]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "ARHGEF3 유전자" 또는 "ARHGEF3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 44)로 표시되는 로(Rho) 구아닌 뉴클레오티드 교환 인자 (GEF) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 44에 기재된 ARHGEF3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_019555)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. ARHGEF3 유전자는 문헌[Thiesen, S. 등, 2000년, Biochemical and biophysical research communications, 제273권, p.364-369]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "POGK 유전자" 또는 "POGK"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 45)로 표시되는 KRAB 도메인을 갖는 포고 전이 인자 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 45에 기재된 POGK 유전자(Gen Bank Accession No. AB040946)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. POGK 유전자 문헌[Greenhalf, W. 등, 1999년, Yeast, 제15권, p.1307-1321]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "PRAF1 유전자" 또는 "PRAF1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 46)로 표시되는 폴리머라제(RNA) I 회합 인자 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 46에 기재된 PRAF1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_022490)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. POGK 유전자는 문헌[Hanada, K. 등, 1996년, EMBO Journal, 제15권, p.2217-2226]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 "HPGD 유전자" 또는 "HPGD"라는 용어는 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 47)로 표시되는 히드록시프로스타글란딘 데히드로게나제 15-(NAD) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 47에 기재된 HPGD 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_000860)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. HPGD 유전자는 문헌[Pichaud, F. 등, 1997년, Human genetics, 제99권, p.279-281]에 기재되는 방법에 의해서 얻을 수 있다. HPGD 유전자는 식도암 주화 세포의 전이성 아주로 발현이 증가하고 있는 것이 문헌[Kawamata, H. 등, 2003년, Cancer Science, 제94권, p.699-706]에 기재되어 있다.
본 명세서에서 사용되는 "GALNS 유전자" 또는 "GALNS"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 142)로 표시되는 갈락토사민(N-아세틸)-6-설페이트 설파타제 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 142에 기재된 GALNS 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_000512)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "fgf3 유전자" 또는 "fgf"라는 용어는 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 143)로 표시되는 섬유아세포 성장 인자 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 143에 기재된 fgf3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005247)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "CMK2B 유전자" 또는 "CMK2B"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 144)로 표시되는 칼슘/칼모듈린 의존성 단백질 키나제 (CAM 키나제) II 베타 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 144에 기재된 CMK2B 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001220)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "CAMKIINalpha 유전자" 또는 "CAMKIINalpha"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 145)로 표시되는 칼슘/칼모듈린 의존성 단백질 키나제 II 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 145에 기재된 CAMKIIalpha 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_018584)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "PSARL 유전자" 또는 "PSARL"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 146)로 표시되는 프레세닐린 회합 마름모형 단백질 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 146에 기재된 PSARL 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_018622)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "XRCC3 유전자" 또는"XRCC3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 147)로 표시되는 차이니즈 햄스터 세포 내 불완전 수복을 보완하는 X선 수복 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 147에 기재된 XRCC3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005432)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "CAPG 유전자" 또는 "CAPG"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 148)로 표시되는 캡핑 단백질(액틴 필라멘트) 겔솔린형(CAPG) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 148에 기재된 CAPG 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001747)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다. 본 명세서에서 사용되는 "GRHPR 유전자" 또는 "GRHPR"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 149)로 표시되는 글리옥실레이트 환원효소/히드록시피루베이트 환원효소 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 149에 기재된 GRHPR 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_012203)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "TROAP 유전자" 또는 "TROAP"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 150)로 표시되는 트로피닌 회합 단백질(타스틴) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 150에 기재된 TROAP 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005480)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "RRM2 유전자" 또는 "RRM2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 151)로 표시되는 리보뉴클레오티드 환원효소M2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 151에 기재된 RRM2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_001034)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "SATB2 유전자" 또는 "SATB2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 152)로 표시되는 SATB 패밀리 멤버 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 152에 기재된 SATB2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_015265)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "C14orf162 유전자" 또는 "C14orf162"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 153)로 표시되는 염색체 14 오픈 리딩 프레임 162 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 153에 기재된 C14orf162 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_020181)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "SEPT6 유전자" 또는 "SEPT6"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 154)로 표시되는 셉틴 6 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 154에 기재된 SEPT6 유전자(유전자은행 등록 번호 NM145799)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "M6PR 유전자" 또는 "M6PR"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 155)로 표시되는 작은 마노스 6-포스페이트 수용체 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 155에 기재된 M6PR 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_002355)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "SPRR3 유전자" 또는 "SPRR3"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 156)로 표시되는 작은 프롤린-농후 단백질 3 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 156에 기재된 SPRR3 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_005416)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "EML1 유전자" 또는 "EML1"이라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 157)로 표시되는 극피동물 미소관 회합 단백질형 1 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 157에 기재된 EML1 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004434)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "YPEL5 유전자" 또는 "YPEL5"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 158)로 표시되는 이피형 5(초파리(Drosophila)) 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 158에 기재된 YPEL5 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_016061)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "EIF4EBP2 유전자" 또는 "EIF4EBP2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 159)로 표시되는 진핵생물 번역 개시 인자 4E-결합 단백질 2 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 159에 기재된 EIF4EBP2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004096)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "SLC2A14 유전자" 또는 "SLC2A14"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 160)로 표시되는 용질 담체 패밀리 2(촉진된 글루코스 수송체), 멤버 14 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 160에 기재된 SLC2A14 유전자(유전자은행 등록 번호 BC060766)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
본 명세서에서 사용되는 "SLIT2 유전자" 또는 "SLIT2"라는 용어는, 서열로 지정하지 않는 한, 특정 염기 서열(서열 161)로 표시되는 SLIT2, 초파리 호모로그 유전자(DNA), 그의 동족체, 변이체 및 유도체 등을 코드하는 유전자(DNA)를 포함한다. 구체적으로는, 서열 161에 기재된 SLIT2 유전자(유전자은행 등록 번호 NM_004787)나 기타 생물종 호모로그 등이 포함된다.
003c#발명의 효과003e#
본 발명은 식도암이나 식도암 전이의 진단, 검출, 판정 또는 예측, 및 식도암의 치료에 유용한 질환 판정용 조성물, 및 상기 조성물을 이용한 식도암 및 식도암 전이를 진단, 검출, 판정 또는 예측하기 위한 방법을 제공하는 것이고, 이것에 의해서 식도암이나 식도암 전이에 대하여 특이적이며 고예측률을 갖는 신속하고 간편한 검출, 판정 또는 예측 방법을 제공한다는 각별한 작용 효과를 갖는다.
또한, 본 발명의 식도암 마커 중에는, 식도암 환자의 혈액 등의 생체 시료 중에도 발견되는 것도 있지만, 그것은 건강한 정상인에게는 거의 또는 전혀 발견되지 않기 때문에, 단순히 상기 마커의 존재 또는 양을 지표로 함으로써, 예를 들면 혈액에서 용이하게 식도암을 검출할 수 있다는 작용 효과도 갖는다.
지시문 (instruction)
주어진 원문을 읽고 필요한 정보를 파악하여, 원문에 근거해 질문에 답하라.
질문 (question)
식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 조성물에 포함될 수 있는 I군, II군, III군의 구성 요소는 각각 무엇인가?
추론 과정 (compact_reasoning)
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1과제 해석
task_interpretation식도암 진단용 조성물을 구성하는 I군, II군, III군의 구체적인 구성 요소를 분류하여 답변해야 한다.
- I군, II군 및/또는 III군으로부터 선택되는 1 또는 2 이상의 프로브를 포함하여 이루어지는, 피험자에서의 식도암의 존재 또는 전이를 시험관 내에서 검출, 판정 또는 예측하기 위한 조성물
-
2정보 추출
information_extraction본문에서 I군, II군, III군에 해당하는 각 그룹의 정의를 추출한다.
- I군: (a) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (b) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, (c) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (d) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및 (e) 상기 (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는(hybridize) 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편 을 포함하는 폴리뉴클레오티드;
- II군: (f) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (g) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, (h) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (i) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및 (j) 상기 (f) 내지 (i) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편 을 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및
- III군: (k) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드, 또는 서열 95 내지 140으로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체, (l) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드 또는 서열 182 내지 195, 197 내지 201로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체, 및 (m) 서열 202 내지 232로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체
-
3근거 선택
evidence_selection각 군의 핵심 구성 요소인 폴리뉴클레오티드와 항체를 선별한다.
- I군: (a) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (b) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, (c) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (d) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및 (e) 상기 (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는(hybridize) 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편 을 포함하는 폴리뉴클레오티드;
- II군: (f) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (g) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, (h) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 그의 변이체, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편, (i) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 상보적인 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드, 및 (j) 상기 (f) 내지 (i) 중 어느 하나의 폴리뉴클레오티드와 엄격한 조건하에서 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드, 또는 15 이상의 연속한 염기를 포함하는 그의 단편 을 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및
- III군: (k) 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드, 또는 서열 95 내지 140으로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체, (l) 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열에 의해서 코드되는 폴리펩티드 또는 서열 182 내지 195, 197 내지 201로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체, 그의 단편 또는 그의 화학수식 유도체, 및 (m) 서열 202 내지 232로 표시되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드, 이들의 변이체 또는 이들의 단편 1개 이상과 특이적으로 결합하는 항체
-
4논리 통합
logical_integrationI군과 II군은 특정 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드로 구성되며, III군은 특정 폴리펩티드에 결합하는 항체로 구성됨을 정리한다.
-
5결론 도출
conclusion_formulation추출된 정보를 바탕으로 각 군의 구성을 정리하여 결론을 도출한다.
-
6답변 생성
answer_generation질문에 따라 I군, II군, III군의 구성 요소를 명확히 기술한다.
최종 답변 (final_answer)
식도암의 존재 또는 전이를 검출하기 위한 조성물의 구성 요소는 다음과 같다. I군은 서열 1 내지 46으로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드(및 그 변이체, 단편, 상보적 서열 등)를 포함한다. II군은 서열 142 내지 155, 157 내지 161로 표시되는 염기 서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드(및 그 변이체, 단편, 상보적 서열 등)를 포함한다. III군은 특정 서열(서열 1 내지 46, 142 내지 155, 157 내지 161, 또는 202 내지 232)에 의해 코드되는 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 항체, 항체의 단편 또는 항체의 화학수식 유도체를 포함한다.
핵심 해석 (core_interpretation)
식도암의 존재 또는 전이를 검출, 판정 또는 예측하기 위한 조성물은 I군 및 II군의 폴리뉴클레오티드와 III군의 항체를 구성 요소로 포함한다.