주주유한책임 원칙의 예외로서 과점주주의 납세의무와 정비사업조합 및 추진위원회의 조세법상 지위 및 과세 특례에 관한 고찰 doc_id CNTS-00120001849_1

헌법은 사유재산권을 보장하고 있고, 이러한 정신은 주식회사 제도를 활성화시키기 위하여 주주유한책임 원칙으로도 구현되고 있다. 이에 따르면 주주는 회사의 내부관계에서는 물론이거니와 대외적으로도 회사 채권자에 대해서 출자액 이상으로는 아무런 책임을 부담하지 않는다. 이를 통하여 주주의 재산을 보장·보호함으로써 주식의 자유로운 거래를 통하여 거대자본 형성을 가능하게 하는 이점이 있기 때문이다. 한편으로는 조세 형평과 조세징수의 확보라는 공익 목적을 달성하기 위하여 이 같은 주주유한책임 원칙의 예외를 인정하고 있다. 국세기본법상 과점주주의 제2차 납세의무와 지방세법상 과점주주에 대한 간주 취득세 과세 제도다. 외형적으로는 법인이 납세의무를 부담하고 있지만 그 법인의 과점주주에 대하여도 그 납세의무를 확장하는 것이고 법인이 부동산을 취득하여 취득세 납세의무를 지는 것이지만 그 법인의 주주인 과점주주에 대하여도 법인을 넘어 주주가 취득 과세 대상 물건을 취득하였다고 보는 관점이다. 이는 조합(Partnership)의 납세의무를 조합이 아닌 조합원에게 두는 것과는 달리, 법인에 대하여 1차 납세의무자로서 납세의무를 부여하고 2차적으로 부족한 부분에 대하여는 주주에게 납세의무를 지우는 2차 납세의무이고, 지방세법상 간주취득세의 경우에는 법인의 주주가 주식을 취득한 것임에도 과세대상 물건을 취득한 것으로 보아 취득세 의무를 부과하는 것이다. 이 두 과세요건의 과점주주란 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다. 주주유한책임 원칙의 예외가 되는 과점주주의 납세의무 기준이 (발행주식총수의 50을 초과하면서) 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는지 여부다. ‘실질적 행사’ 의미가 단순한 보유를 넘어서 어떠한 행위 태양을 요구하는지에 관하여 아래에서 검토해보고자 한다. 이처럼 조세법상 주식 보유자체와 주주권의 실질적인 권리 행사를 구분하여 과세요건을 규정하고, 더 나아가 과점주주의 경우는 의결권의 50%를 초과한 경우에만 인정하는 제도이므로 실질적 권리 행사의 의미는 단순한 보유 사실의 존재를 넘어 과점주주가 회사를 지배한다라는 관념에 가깝다고 할 수 있다. 그러나 대법원 판례에서 본 바와 같이 주주권의 실질적인 행사를 주총 참여, 의결권 행사, 유상증자 참여 정도로 해석한다면 주주권의 존재 자체를 요건으로 하는 것과 별반 달라 보이지 않는다. 과점주주는 회사에 대한 지배권을 행사할 수 있는 주주다. 과점주주의 이러한 실질적인 성격을 고려하여 주주유한책임 원칙에 예외를 인정한 것이다. 그러나 이러한 지배권이 이론상 존재만 할 뿐이고 사실상 행사되지 않은 경우는 어떻게 보아야 할 것인가에 대한 논의가 필요하다. 우리 판례는 과점주주에 대한 간주취득세의 경우, 과점주주 상호간에 공유자 혹은 공동사업자의 지위에서 법인자산에 대한 관리처분권을 “행사할 수 있다”는 취지로 판시하고 있다. 이하에서 모회사와 자회사간에 지배에 따른 책임을 살펴보면서 조세법상 해결의 실마리를 찾아보고자 한다. 다만, 과세관청은 조합설립추진위원회가 법인세법 제110조에서 정한 비영리법인 수익사업개시신고 등을 하지 아니하는 등의 일정한 경우에는 구체적인 사정에 따라 조합설립추진위원회의 손익이 정비사업조합에 그대로 승계되는 것은 아니고, 조합설립추진위원회가 주무관청의 승인을 받아 조합을 설립하고, 조합의 설립등기일 전에 생긴 손익을 사실상 조합에 귀속시킨 경우에는 최초 사업연도의 기간이 1년을 초과하지 않는 범위 내에서 당해 손익을 조합의 최초 사업연도 손익에 산입할 수 있다고 본다(법인-525 2009. 5. 4.). 그리고 그러한 경우 조합 설립 이전 수년 동안 추진위원회가 사용한 비용은, 비록 도정법 제15조 제4항에 따라 추진위원회의 권리 및 의무가 조합에 포괄적으로 승계됨에도 불구하고 그 손익을 정비사업조합의 손익으로 볼 수 없으며, 이 경우 추진위원회에 귀속되는 손익으로 볼 뿐이라고 판단한다(서면2팀-1287, 2007. 7. 5. 등). 조세특례제한법 제104조의7 제2항은 정비사업조합에 대한 법인세 과세특례를 정하고 있는데, 그에 따르면 도정법 제18조에 따라 설립된 정비사업조합은 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용한다. 다시 말해, 비영리내국법인으로 간주되는 정비사업조합의 수익사업 중 법인세법 제3조 제3항 각 호의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 한하여 법인세 과세 대상이 된다. 다만, 일반적인 비영리내국법인의 경우 고유목적사업준비금을 일정한 요건 및 범위 내에서 손금으로 산입할 수 있으나(법인세법 제29조), 정비사업조합의 경우에는 그러하지 않다. 정비사업조합을 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용하기 위해서는 그 수익사업의 범위를 가려야 한다. 그런데 정비사업조합이 도정법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다(조세특례제한법 시행령 제104조의4). 한편, 도정법 제13조의 규정에 해당하는 조합설립추진위원회가 정비사업을 시행하면서 신규로 부가가치세 과세사업을 개시하고자 하는 경우 사업자등록을 하여야 한다(부가-748, 2009. 2. 24.). 그리고 조합설립추진위원회가 행한 업무와 관련된 권리와 의무를 정비사업조합이 포괄승계하여 실질적으로 양자 사이의 동일한 사업자로 평가되는 경우에는 별도로 사업자등록 필요 없이 사업자등록 정정신고서를 제출하면 된다{부가가치세법 집행기준(2012) 5-7-1, 법규부가2012-176, 2012. 5. 14. 참조}. 그리고 조세특례제한법 제104조의7 제3항은 정비사업조합에 대한 부가가치세 과세특례를 정하고 있는데, 그에 따르면 정비사업조합이 조합원에게 관리처분계획에 의하여 분양하는 주택 및 상가 등 건축물로서 해당 정비사업의 시행으로 건설된 것에 대하여는 부가가치세 과세 대상으로 보지 아니한다. 반면 정비사업조합이 재화 또는 용역을 공급받거나, 정비사업조합이 일반인에게 체비지 및 보류지, 건축물 등을 공급하는 데 대하여는 위와 같은 과세특례가 적용되지 아니하여 부가가치세법 일반 법리에 따르게 된다. 따라서 일반 분양분 중 국민주택 규모를 초과하는 주택, 상가 등은 부가가치세 과세 대상이 된다. 도정법 제15조 제2항에 따라 조합설립추진위원회의 공정한 운영을 위하여 국토교통부가 고시한 정비사업 조합설립추진위원회 표준운영규정에 따르면, 정비사업조합이 설립될 경우 조합설립추진위원회는 모든 업무와 자산을 정비사업조합에 인계하고 해산하여야 하고, 조합설립추진위원회의 권리와 의무는 정비사업조합이 포괄적으로 승계하도록 하여, 조합설립추진위원회 운영 단계에서 수익이 구성원 등에게 분배되는 일이 없다(위 규정 제5조). 그리고 조합설립추진위원회는 도정법에 따라 시장·군수 등 주무관청의 승인을 거쳐 설립된다. 따라서 도정법 제13조의 규정에 따라 설립되는 조합설립추진위원회는 국세기본법 제13조에서 정하는 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하여 비영리법인으로서의 법인세 납세의무를 부담한다고 볼 것이다. 다만, 조합설립추진위원회 단계에서는 수익 관련 권리의무의 확정이 있기 전인 경우가 대부분으로, 채무면제이익이나 이자수익을 제외하고는 수익으로 인식할 내용은 거의 없다.